本次修法拟修正之幅度较大，其中包含了：
1. 经济部智慧财产局将设立专责审议专利救济案件之独立案件。
2. 专利案件救济程序之变革。
而上述的变革最主要系确保专利权之安定性，同时兼顾救济时效，明确规范如不服专利专责机关之审议结果者，能够免经诉愿程序径提诉讼，并由现行行政诉讼程序改为民事诉讼程序，明确规范当事人增加新证据或更正的时限，以提升诉讼效率。
现行制度
现行发明专利案审查及行政救济流程如下：
(图片来源：经济部智慧财产局https://www.tipo.gov.tw/tw/cp-56-802499-1c58f-1.html )
一般申请人在提出发明专利申请经初审的实体审查后会有二个结果，一是核准，核准后申请人可以在3个月内缴纳证书费及年费即可核发证书并使其公告，另一结果则是核驳，在核驳审定书送达后2个月内可提出再审查申请。
申请人在再审查程序中，如专利核准，则申请人可以在3个月内缴纳证书费及年费即可核发证书并使专利公告，按目前的实务上，于再审审查时若审查委员仍有疑虑时，多会提出审查意见通知请申请人提出申复，若申请人提出申复后仍无法克服审查意见时才会进行核驳。如专利于再审阶段无法克服不予专利之事由，申请人能够在核驳审定书送达后30日内提出诉愿。
以实务经验来看，申请人通常在提出诉愿后多被驳回，以近几年5%左右的撤销率而言，实少有案例能够在诉愿阶段成功撤销原处分，然而，行政处分的撤销诉讼，原则上皆必须先经过诉愿程序才能提起，依据行政诉讼法第4条第1项规定：『人民因中央或地方机关之违法行政处分，认为损害其权利或法律上之利益，经依诉愿法提起诉愿而不服其决定…』因此，实务上申请人明知诉愿难以成功，却为了能够提起后续的行政诉讼而必须为之，除此之外，诉愿审议委员会在审理时须耗费大量时间，导致救济效率不彰。
除此之外，有关应否准予专利之判断极具高度专业性与技术性，为强化对不服不予专利审定之救济审议程序，并使专利权之更正及举发案等之审议程序更为严谨，本次修法拟于专利专责机关设置复审及争议审议会。
拟修法内容
本次公听会中拟废除现行再审查制度，另设复审及争议审议制度，适用于专利权期间之延长申请案、更正案、其他不服专利之相关处分案及举发案、专利权期间之延长举发案等，更进一步细分，如为专利申请权人/专利权人与主管机关之间的争议，例如，不服不予专利审定、专利权期间之延长申请案、更正案、其他不服专利之相关处分案称之为『复审案』，而涉及举发相关程序则称为『争议案』，无论是复审案或争议案，皆采取合议审查的方式，以三人或五人合议为原则，并导入言词审议程序，以强化程序严谨性，复审案之审议，原则上为书面审议，例外为言词审议，而争议案之审议，原则上为言词审议，例外为书面审议，对审议决定如有不服者，得径提诉讼，免经诉愿程序，以提升行政救济之效能。
以下为拟新增的专利法第六十六条之一：
『专利专责机关为审议复审案及争议案，应设复审及争议审议会。
下列各款为发明专利复审案：
一、不服不予专利审定之核驳复审案。
二、发明专利权期间之延长申请案。
三、更正案。
四、不服其他有关专利申请及其他程序处分之复审案。
下列各款为发明专利争议案：
一、发明专利权之举发案。
二、发明专利权期间之延长举发案。
第一项复审及争议审议会之设置要点，由专利专责机关报请主管机关核定后发布之。』
由于应否准予专利之判断极具高度专业性与技术性，因此另拟定第六十六条之二：
『发明专利复审案及争议案之审议，专利专责机关应指定专利审查人员或具法律专长人员三名或五名为审议人员合议之，并指定其中一人为审议长，负责综理审议事务。但本法另有规定者，不在此限。
前项具法律专长人员应回避之情事，准用第十六条规定。
前条第二项第一款之审议，曾审定该申请案者，应予回避。』
结语
本次拟修正之专利法，有部分申请人会认为，若在申请复审阶段未经修正将会使答辩机会减少，可能造成意见无法充分表达。由于现阶段的审查实务至诉愿前的审查过程，申请人与主管机关间约有三次答辩的机会，但经删除再审及诉愿制度并合并为专利核驳复审案，申请人提出复审时若未一并提出修正，则最少仅有两次的答辩机会，确实使答辩机会减少，造成前述的问题。
另外有申请人认为若通过修法，不仅能够解决目前实务上诉愿程序沦为虚设的问题，更能够透过设立审议会而让具备专利相关知识的审查人员或具法律专长的人员进行审理，让案件能够在审议会层级得到实质审查的效益，若申请人不服复审决定则可径提诉讼，免除诉愿程序，藉此大幅提升行政救济之效能。
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